| 根據罕見疾病防治及藥物法第25條規定，中央主管機關得獎勵罕見疾病藥物之供應、製造及研究發展。因此「罕見疾病藥物供應製造及研究發展獎勵活動」由衛生署公告徵求鼓勵及表揚名單，經推薦及積極參與的個人、學會、醫療單位、藥廠及有貢獻之團體提出申請。初審符合獎勵辦法要件者，再經由「罕見疾病及藥物審議委員會-藥物小組」審議，最後由「罕見疾病及藥物審議委員會」決選通過。 此獎勵活動，肯定了許多默默進行罕見疾病藥物供應製造及研發的個人及團體，讓社會充滿更多溫馨與鼓勵，以下是歷屆得獎名單：
第三屆（93年）
| 獎項 |
得獎名單 |
| 特殊貢獻獎 |
中研院生醫所陳垣崇教授 |
| 傑出貢獻獎 |
中國醫藥大學附設醫院蔡輔仁醫師 |
| 貢獻獎 |
馬偕紀念醫院林炫沛醫師、吉帝藥品股份有限公司 |
| 服務獎 |
行政院衛生署疾病管制局、信東生技股份有限公司 |
第二屆（92年）
| 獎項 |
得獎名單 |
| 傑出貢獻獎 |
中華民國運動神經元疾病病友協會（漸凍人協會） |
| 貢獻獎 |
馬偕黃富源副院長、國防醫學院胡幼圃主任、台大胡務亮醫師、榮總牛道明醫師、臺大醫院藥劑部 |
| 服務獎 |
吉帝藥品股份有限公司、陀德罕見醫藥有限公司 |
第一屆（91年）
| 獎項 |
得獎名單 |
| 傑出貢獻獎 |
財團法人罕見疾病基金會 |
| 貢獻獎 |
臺大醫院優生保健部、馬偕紀念醫院、陳莉茵女士、台大楊智超醫師、台灣東洋藥品工業股份有限公司 |
| 服務獎 |
成大陳彩雲醫師、中國化學製藥股份有限公司、吉帝藥品股份有限公司、吉發企業股份有限公司 |
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