自2006年7月1日起，政府的新生兒篩檢已從原有的6項調整為11項。目前由台大醫院新生兒篩檢中心、中華民國衛生保健基金會附設醫事檢驗所及財團法人台北病理中心，三個單位來負責全國新生兒的篩檢工作。其所負責的區域也重新作了部分的調整（詳如下表）。另外，之前除了台大醫院新生兒篩檢中心可以進行「龐貝氏症」及「法布瑞氏症」新生兒篩檢之外，自97年1月1日起，衛生保健基金會與台北病理中心亦可進行此兩項篩檢。由於是屬於【先驅計畫】，故目前該兩項病症之檢驗尚不收取檢驗費。針對新生兒篩檢檢驗結果有異常者，將由原生產之婦產科診所或醫院將通知家長帶新生兒進行複檢。
國內三大新生兒篩檢機構之負責區域一覽表：
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機構名稱
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負責區域
(各縣市之醫院及婦產科醫療院所)
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台大醫院新生兒篩檢中心
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台大醫院出生之新生兒、台北縣、新竹市、雲林縣、台南縣、高雄市、高雄縣、花蓮縣、台東縣、金門縣。
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財團法人中華民國衛生保健基金會附設醫事檢驗所
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宜蘭縣、台中縣、台中市、南投縣、彰化縣、嘉義市、嘉義縣、台南市、屏東縣。
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財團法人台北病理中心
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台北縣、宜蘭縣、桃園縣(市)、新竹縣、苗栗縣、台南縣佳里鎮、台東縣(市)、花蓮縣(市)、澎湖縣、基隆市、台北市(台大醫院出生之新生兒除外)、金門、馬祖。
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