少數新生兒糖尿病患者的胰臟發育不完全，由於胰臟負責製造消化酵素以及胰島素等其他賀爾蒙，此類患者也會出現消化不良的問題，例如脂肪便以及無法吸收脂溶性維生素。

發生率
    大約每40萬就有一個嬰兒在出生後幾個月內被診斷為糖尿病。然而，約有一半的嬰兒可能是暫時性的，並在18個月大的時候症狀會改善。若是一歲半糖尿病仍未緩解，則被認為患有永久性新生兒糖尿病。

病因學
    永久性新生兒糖尿病可能導因於多種不同的基因突變。大約有30%的患者在KCNJ11基因出現突變；約有20%患者在ABCC8基因出現突變。這些基因主要與合成ATP敏感性鉀離子通道的蛋白質有關。每一個K-ATP離子通道均由八個次單位蛋白質所形成，其中四個次單位由KCNJ11基因所製造，其餘四個次單位由ABCC8基因所製造。

    K-ATP離子通道是位於負責分泌胰島素的胰臟β細胞的穿膜蛋白。這些通道會根據血液中葡萄糖的濃度來調整開啟或關閉。血中葡萄糖濃度升高造成這些離子通道的關閉，進而啟動胰臟的β細胞分泌胰島素進入至血液中而調控血液中葡萄糖的濃度。

    KCNJ11基因或ABCC8基因突變造成K-ATP離子通道無法關閉，因而即使在高血糖時，胰臟β細胞仍然無法分泌足夠的胰島素，導致永久性新生兒糖尿病的產生

而大約有20%的患者具有與製造胰島素有關的INS基因突變有關。胰島素由INS基因轉譯出來，稱為前胰島素(proinsulin)的前驅物所製造而成；前胰島素為一長鏈胺基酸之結構，會被切成A鏈與B鏈，再經由雙硫鍵連結而形成胰島素。INS基因的突變會造成前胰島素不正常剪切或是影響A鏈與B鏈的結合，導致血糖控制出現問題。

    另外有三個因子與胰島素分泌的調控有關： Glucokinase(GCK)、PDX-1（亦稱為IPF-1）、以及HNF1b。當其以異型合子狀態存在時，分別會造成單基因型糖尿病(monogenic diabetes)：MODY2、MODY4及MODY5；而以同型合子存在時，會導致永久性新生兒糖尿病。

遺傳模式
    永久性新生兒糖尿病存在不同的遺傳模式。突變發生在KCNJ11基因或是INS基因時，是以體染色體顯性遺傳，表示若雙親其中一位患有此症，其子代則有50%再發率；雙親若皆為正常，下一胎再發率的可能性是微乎其微。然而在這些患者當中，大多數是來自於新突變的產生並且家中並沒有永久性新生兒糖尿病家族史；少數患者才是從帶有突變的之一雙親中遺傳而來。

    當永久性新生兒糖尿病的基因突變發生在ABCC8基因時，則可以為體染色體顯性或是體染色體隱性的遺傳模式。在體染色體隱性遺傳中，如果父母是帶因者，表示各帶一條有缺陷基因的染色體，因另一條染色體上的基因表現正常，所以不會發病，但下一代不分男女性別，每一胎有25%的機率成為此症患者，50%的機率是跟父母一樣的帶因者，25%的機率正常。

    由其他基因突變造成的先天性新生兒糖尿病多為體染色體隱性遺傳模式，但此類患者比例較低。